mikroskop i vilket en punktljuskälla belyser ett genomskinligt objekt, varvid bilden av den belysta objektpunkten fokuseras på en hålbländare, belägen i ett konjugerat bildplan

I ett konfokalmikroskop belyses volymen hos ett tredimensionellt, genomskinligt objekt punkt för punkt, varvid koordinaterna och mätvärdena för varje punkt registreras. Genom datorbehandling kan användaren därefter, med hjälp av dessa data, skapa skarpa bilder av godtyckligt valda tvådimensionella snitt genom objektet.

Metoden förutsätter användning av en laserljuskälla för att de registrerade signalerna ska bli tillräckligt starka.