Inom systematiken är man intresserad av att mäta den genetiska likheten mellan arter, populationer, etc. Detta kan göras på många sätt, men det i dag vanligaste är att jämföra själva gensekvenserna. DNA-koden är uppbyggd av gener som i sin tur består av nukleotider (biomolekyler som kan vara av typerna A, C, G eller T) ordnade i en lång rad efter varandra. De gener man studerar inom fågelsystematiken härrör antingen från cellens mitokondrier (mitokondrie-DNA) eller från dess kärna (kärn-DNA). Gensekvensernas uppbyggnad förändras med tiden genom selektion och slumpmässiga mutationer, vilket ger ett relativt mått på hur lång tid två arter varit genetiskt isolerade från varandra. Det är dock viktigt att välja rätt gen när man studerar en viss frågeställning, eftersom förändringshastigheten är olika för olika gener. Mitokondrie-DNA förändras mycket långsamt och enbart genom mutationer.