analys av celler eller deras beståndsdelar genom mätning av det ljus som avges när de en och en passerar genom en trång kanal där de belyses med laser

Oftast används något fluorescerande ämne för infärgning av det som ska mätas i cellerna. När flödescytometrin kombineras med sortering av cellerna enligt deras  fluorescens talar man om fluorescensaktiverad cellsortering, FACS (eng. fluorescence-activated cell sorting). Som regel kan två eller flera färger (egenskaper) mätas samtidigt, vilket gör det möjligt att t.ex. sortera celler efter såväl storlek som DNA-innehåll.